扁尾陸龜外觀酷似蛛網龜，并且在一段時間內，人們一度認為扁尾陸龜是蛛網龜的某一亞種，但是現在的科學分類將其劃分出來，這并不會改變扁尾陸龜酷似蛛網龜這一事實。

　　扁尾陸龜可生長至13.7厘米，甲殼相當平坦，甲殼后面邊緣是尖銳的鋸齒，甲板的顏色是黑色的，成長后會慢慢變成淺棕色，甲與甲之間的邊緣會有淺棕色或黃色斑點。背甲與腹甲之間沒有鉸鏈，腹甲的顏色是黃色的，有褐色的斑點，斑點顏色較為暗淡。

　　頭部呈黃色而且有黑色斑點，但不同的個體差異是很大的。喙的上頜骨和下頜骨是黃色的，四肢呈淺棕色的。而尾巴是平的，因而得出扁尾陸龜的名字。