蜥蜴屬于變溫動物，新疆巖蜥也不例外，鋪2cm厚沙子，加躲藏穴和水盆。在溫帶及寒帶生活的新疆巖蜥于冬季進入休眠狀態，表現出季節活動的變化。在新疆, 多生活于黃土及黃土沙質荒漠地帶, 在河岸階地、胡楊林內、荒漠灌叢、洪溝岸壁及居民廢棄的土墻縫中, 偶見于礫石荒漠灌溉渠邊。在熱帶活的新疆巖蜥，由于氣候溫暖，可終年進行活動。但在特別炎熱和干燥的地方，也有夏眠的現象，以度過高溫干燥和食物缺乏的惡劣環境。可分為白晝活動、夜晚活動與晨昏活動三種類型。不同活動類型的形成，主要取決于食物對象的活動習性及其他一些因素。新疆巖蜥在遭遇敵害或受到嚴重干擾時，常常把尾巴斷掉，斷尾不停跳動吸引敵害的注意，它自己卻逃之夭夭。這種現象叫做自截，可認為是一種逃避敵害的保護性適應。自截可在尾巴的任何部位發生。但斷尾的地方并不是在兩個尾椎骨之間的關節處，而發生于同一椎體中部的特殊軟骨橫隔處。這種特殊橫隔構造在尾椎骨骨化過程中形成，因尾部肌肉強烈收縮而斷開。軟骨橫隔的細胞終生保持胚胎組織的特性，可以不斷分化。所以尾斷開后又可自該處再生出一新的尾巴。再生尾中沒有分節的尾椎骨，而只是一根連續的骨棱，鱗片的排列及構造也與原尾巴不同。